A pesar de la importancia de encaminar investigaciones que demuestren la nocividad de los agroquímicos a los agroecosistemas, los estudios basados en la mitigación de estos daños, especialmente mediante métodos diagnósticos y de biorremediación son muy escasos en el Ecuador. Se realizó un diagnóstico socioambiental en el cantón Pindal, para conocer las causas y consecuencias de la contaminación por agroquímicos. Conocidos los niveles de toxicidad, se aisló microorganismos autóctonos de los suelos contaminados, los cuales fueron caracterizados morfo-cultural y genéticamente, para ello se realizó la secuenciación de los genes y análisis bioinformáticos en la empresa norteamericana Sequencing Lab Macrogen Corp. Se diseñaron experimentos totalmente aleatorizados en condiciones de laboratorio para evaluar el potencial biorremediador de aislados microbianos, mediante métodos de bio-absorción para degradar sustancias xenobióticas provenientes de agroquímicos. Se identificaron ocho géneros de hongos con potencial biorremediador en zonas productoras de maíz convencional en el cantón Pindal (Loja): Penicillium, Mucor, Scytalidium, Aspergillus, Neosartorya, Eurotiomycetes, Talaromyces y Fusarium. En el caso de Hongos: Mucor circinelloides F., constituye el de mayor capacidad de adaptabilidad y absorción para glifosato en dosificaciones de 5g/l y 1g/l. Mientras que, Penicillium chrysogenum y Uncultured Aspergillus, constituyen los de mayor capacidad de absorción para cipermetrina; en el caso de Bacterias: Bacilos rectangulares gram positivos, tuvo un crecimiento del 59 % mayor que su testigo en dosis de 1g/l; 61% en 5g/l y 55% en 15gr/l. Mientras que medio de cultivo líquido con cipermertrina, Micrococo gran positivo, presenta mayor crecimiento en dosificaciones de 2 g/l y 1g/l.Despite the importance of conducting research to demonstrate the harmfulness of agrochemicals into the agro-ecosystems, studies based on the mitigation of these damages, especially through diagnostic and bioremediation methods, are very scarce in Ecuador. A socio-environmental diagnosis was made in the Pindal canton, to know the causes and consequences of contamination by agrochemicals. Once the toxicity levels were known, autochthonous microorganisms were isolated from the contaminated soils, which were characterized morph-culturally and genetically way. Gene sequencing and bio-informatics analysis were performed by the US company Sequencing Lab Macrogen Corp. Totally randomized experiments were designed under laboratory conditions to evaluate the bioremediation potential of microbial isolates by bio-absorption methods to degrade xenobiotic substances from agrochemicals. Eight categories of fungus, with bioremediation potential, were identified in conventional corn producing areas in the Pindal canton (Loja): Penicillium, Mucor, Scytalidium, Aspergillus, Neosartorya, Eurotiomycetes, Talaromyces and Fusarium. In the case of: Mucor circinelloides F., it constitutes the one with a greater capacity of adaptability and absorption for glyphosate in dosages of 5g / l and 1g / l. While, Penicillium chrysogenum and Uncultured Aspergillus, are those for greater capacity of absorption for cipermetrina; in the case of Bacteria: rectangular bacilli positive gram, had a growth of 59% greater than in doses of 1g / l; 61% in 5g / l and 55% in 15gr / l. While in a liquid medium with cipermertrina, Micrococo grand positive, shows higher growth in dosages of 2 g / l and 1 g / l.<magíster e agroecología y ambienteCuenca