El tratamiento post cosecha que las plantas medicinales reciban intervienen en sus características organolépticas y farmacológicas, dentro de este ámbito el método de secado influye directamente en la estabilidad de los metabolitos secundarios, por lo tanto nuestro estudio se basó en la comparación de dos métodos de secado: estufa y liofilización, mediante la cuantificación de fenoles totales, flavonoides y la evaluación de la actividad antioxidante a través de las técnicas de DPPH (2, 2 – diphenyl – 1 – picrylhydrazyl) y poder reductor, planteando que el método de secado por liofilización favorece la estabilidad de los polifenoles, en comparación con el método de secado en estufa. La estimación de la estabilidad de los polifenoles se realizó mediante la cuantificación espectrofotométrica de los metabolitos en los extractos secos obtenidos, comparando sus concentraciones en función del tiempo. Se realizaron cinco determinaciones en los tiempos 0, 1, 2, 4 y 6 meses. A través de la cromatografía de capa fina se realizó la identificación de los metabolitos presentes en Jungia rugosa, siendo los principales los polifenoles, los cuales presentaron una mayor intensidad al ser analizados bajo fluorescencia,en las plantas sometidas a secado por liofilización. Mediante un análisis estadístico se estableció que a medida que pasa el tiempo existe una disminución en la concentración de fenoles totales, flavonoides y disminución de los valores de AAEAC para las técnicas de DPPH y poder reductor. Por otro lado, también se determinó que en el método de secado por liofilización se obtienen mayores concentraciones que en el método de secado por estufa.The post harvesttreatment applied to medicinal plants get directly involved in their organoleptic and pharmacological characteristics. Within this field, drying methods directly influences on the stability of secondary metabolites, therefore our study was based on the comparison of two methods of drying: stove and lyophilization. By quantifying total phenols, flavonoids and by the evaluation of antioxidant activity through techniques such as DPPH (2, 2 - diphenyl - 1 - picrylhydrazyl) and reducing power, suggesting that the method of drying by lyophilization promotes stability of the polyphenols in comparisson to the method of drying oven. The estimation of the stability of polyphenols was performed by spectrophotometric quantification of metabolites in the dry extracts obtained by comparing their concentrations versus time. Five determinations at times 0, 1, 2, 4 and 6 months were made. Through thin layer chromatography, metabolites present in Jungiarugosawere identifying.,The main present compounds were polyphenols, which showed a higher intensity under fluorescence in plants subjected to freeze-drying. By statistical analysis established that as time goes on there is a decrease in the concentration of total phenols, flavonoids and decrease values AAEAC techniques for reducing power and DPPH. Furthermore, it was also determined that the freeze drying method are obtained higher concentrations than in the oven drying method.Bioquímico FarmacéuticoCuenca