Las enfermedades de raíz en el cultivo de tomate de mesa (Solanum lycopersicum Mill), causan grandes problemas en el desarrollo del cultivo, ocasionando pérdidas económicas para el agricultor. El manejo de microorganismos benéficos que actúan con respecto a otros como inhibidores, antagonistas o parásitos son muy importantes para la agricultura ecológica, ya que estos organismos naturales pueden regular el desarrollo de los patógenos. Entre ellos se destaca Trichoderma sp. con el cual se evalúa dos especies de Trichoderma (T. harzianum (Rifai)y T. koningii (Qudem)), para el manejo de Phythium sp y Fusarium sp en el cultivo del tomate (Solanum lycopersicum Mill) a nivel radicular y en su desarrollo en condiciones de invernadero en los seis primeros meses del cultivo, utilizando tres dosis: una baja (El 25 % menos de la dosis recomendada), una media (20cm3/l, dosis comercial recomendada), una alta (25 % más de la dosis comercial recomendada) y una dosis extra (30%más de la dosis comercial recomendada). Los resultados mostraron a Trichoderma harzianum (Rifai) en dosis de 20 cm³/l ser la especie más eficiente para controlar a Phytium sp. y Fusarium sp. a nivel de semillero y vivero. También se observa diferencias estadísticas significativas de las especies de Trichoderma frente a los testigos en las variables peso seco de la planta y peso fresco de raízRoot diseases in tomato cultivation table (Solanum lycopersicum Mill), causing major problems in crop development, showing great economic losses to the farmer. Management of beneficial microorganisms that act with respect to other inhibitors or repellents are very important for organic farming, these natural organisms regulate the development of pathogens. Among them stands Trichoderma sp. Thus, the present study evaluates two species of Trichoderma (T. harzianum (Rifai) and T. koningii (Qudem)), for the management of Pythium and Fusarium sp in the cultivation of tomato (Solanum lycopersicum Mill) at root level in crop development under greenhouse conditions in the first six months of cultivation, using three doses: low (25% less than the recommended dose), average (20cm³/l, commercial recommended dose) and high (25 % more than the recommended dose commercial) in addition two additional doses, one for each Trichoderma species with (30 % more than the recommended dose commercial) were used. The results showed Trichoderma harzianum in doses of 20 cc/l to be the most efficient way to control Pythium sp. and Fusarium sp. level seedbed and nursery. Noting also statistically significant differences Trichoderma species against witnessesMagíster en Agroecología y AmbienteCuenca