OBJETIVO: Determinar la prevalencia de malformaciones congénitas y factores asociados en neonatos nacidos en el Hospital Vicente Corral Moscoso (HVCM) de la ciudad de Cuenca y elaborar un plan estratégico para prevención, detección y atención de malformaciones congénitas. MATERIALES Y MÉTODO: Estudio transversal, que incluyó 2385 neonatos, fueron incluidos neonatos mayores de 20 semanas de gestación, mayores de 500 gramos, vivos o muertos. se empleó la RP (IC95%) y el chi cuadrado para significancia estadística. RESULTADOS: La prevalencia de malformaciones fue 4,94%, el 71,2% con malformaciones mayores y 28,8% con malformaciones menores. Se encontró asociación significativa de las malformaciones con la edad materna (mayores a 35 y menores a 15 años) (RP 1,76 IC95% 1,06-2,92), antecedentes de abortos (RP 2,13 IC95% 1,39-3,28), antecedentes de hijos con malformaciones (RP 3,06 IC95% 1,34-7,01). Con una mayor prevalencia de malformaciones en el sistema musculo-esquelético con 44,96%, PALABRAS CLAVE. Prevalencia, malformaciones congénitas, factores asociados.OBJECTIVE : To determine the prevalence and associated congenital malformations in infants born Vicente Corral Moscoso ( HVCM ) Hospital of the city of Cuenca and develop a strategic plan for prevention, detection and treatment of congenital malformations factors. MATERIALS AND METHODS: Cross-sectional study , which included 2385 infants were included infants older than 20 weeks gestation, over 500 grams , living or dead . RP (95 %) and chi square was used for statistical significance . RESULTS : The prevalence of malformations was 4.94% , with 71.2% and 28.8 % major malformations with minor malformations . Malformations significant association was found with maternal age (over 35 and under 15 years) (OR 1.76 95% CI 1.06 to 2.92 ), history of abortions (OR 2.13 95% CI 1.39 -3.28 ), history of children with malformations (OR 3.06 95% CI 1.34 to 7.01 ) . With a higher prevalence of malformations in the musculoskeletal system with 44.96 % , KEYWORDS . Prevalence, congenital malformations associated factors.Especialista en PediatríaCuenca