Durante 1999 se monitorearon seis estaciones, cuatro de ellas ubicados a lo largo del Estero Real, desde el Golfo de Fonseca hasta la parte alta de este estero ; se ubicaron dos estaciones más en los ramales principales del mismo. Una vez por mes se tomaron muestras de agua de superficie y fondo para realizar los análisis físicos, químicos y microbiológicos. Los resultados mostraron poca variabilidad entre sí, lo que nos indica que no se presentó estratificación, ya que los datos obtenidos son similares.