La agricultura es la actividad más importante a nivel mundial, sin embargo el uso excesivo agroquímicos para la producción agrícola trae riesgos para la salud y el ambiente. La agricultura sostenible tiene métodos de producción de menor impacto como abonos orgánicos, biopesticidas y biofertilizantes, los cuales están compuestos de microorganismos eficientes que intervienen en el mejoramiento de suelos, tratamie nto de aguas y manejo de residuos agropecuarios. La finca agroecológica de Zamorano utiliza biofertilizantes a base de microorganismos de montaña (MM), los cuales se caracterizaron a nivel de género, para ello se aislaron y purificaron cepas provenientes de cuatro biofertilizantes diferentes. La morfología de las bacterias y hongos aislados se identificaron mediante el método de tinción de Gram y tinción en fresco. Para la identificación de bacterias se utilizaron pruebas bioquímicas diferenciales y la prueba de API 20 NE. A partir de la purificación se obtuvo siete cepas de microorganismos: cuatro cepas de bacterias, dos de levaduras y una de hongos. Las cepas de estos microorganismos se conservaron en discos de papel filtro almacenados en el Laboratorio de Microbiología Ambiental .La baja abundancia y diversidad de microrganismos posiblemente se dio por la presencia de algunos ingredientes de los biofertilizantes que influyen en el medio de crecimiento. Los ingredientes de cada mezcla cambian las propiedades de biofertilizantes a bioplaguicidas.