En la actualidad la industria artesanal láctea está evolucionando hacia un comercio internacional en el cual las normativas de higiene y calidad son más exigentes; por lo que se pretende que estas empresas estandaricen sus procesos para brindar productos de alta calidad, libres de patógenos y con características sensoriales propias de estos productos. El objetivo de este estudio fue clasificar cepas de Lactobacillus spp. presentes en queso artesanal utilizando Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) y EcoR I. Se aislaron 39 colonias de Lactobacillus spp. y se clasificaron 24, posibles responsables de brindarle características sensoriales al queso artesanal elaborado en la empresa Lácteos Ledezma ubicada en Tocoa, Honduras. Para la realización del estudió se tomó una muestra de queso artesanal en proceso, del cual se aislaron distintas colonias de Lactobacillus spp. utilizando dos medios de cultivo específico: MOX con 30μg/ml de Vancomicina y MRS con 30μg/ml de Vancomicina.