El mucho uso de insumos sintéticos para la producción agrícola tradicional, ha generado controversias sobre la conveniencia de este sistema de producción, debido principalmente a la residualidad de estos insumos en el medio ambiente. En respuesta a esta controversia se han generado sistemas de producción de tipo sostenible y amigable con el medio ambiente, como la agricultura orgánica. La aparición de este sistema de producción hace necesaria su evaluación técnica, económica y ambiental. Para esto se compararon los sistemas de producción tradicional y orgánica en el cultivo del café en El Salvador, incluyendo variables de producción, respuestas económicas y ambientales, mediante la recolección de información directa de fincas en ambos sistemas. Primero se identificaron las variables más importantes en términos de explicación de la variabilidad, mediante análisis de componentes principales y análisis de varianza. Luego, con base en las variables más significativas por análisis de conglomerados, se realizó una tipificación de las fincas de ambos sistemas para poder establecer grupos de comparación. Los grupos del sistema tradicional mostraron una mayor intensificación de la producción debido principalmente al uso de insumos sintéticos, altas densidades de siembra y poca sombra.